la trama racconta di come il Joker, dopo essere fuggito dal manicomio di Arkham, ordisce un piano per prendere il controllo della struttura e prendere in ostaggio Batman, insieme a molti dei suoi nemici.Il Joker minaccia di far esplodere bombe a Gotham City, costringendo Batman a sventare i suoi piani all'interno del manicomio.Il giocatore impersona Batman, utilizzando i suoi gadget e abilità per navigare nei meandri dell'Arkham Asylum, affrontare i criminali e sconfiggere il Joker, svelando le sue trame e cercando di ripristinare l'ordine prima che la follia prenda il sopravvento.